洪武以后直到明末的户口数，《明实录》、《大明会典》、《后湖志》等书有不少记载，而各地方志中记录的本地户口数据就更多。但是，正如研究过明代户口数额问题的学者们普遍指出的，除北方一些地区外，大部分地区的数据质量极差，未能反映出明代人口发展的真实状况。因此，学者们最常使用的方法，是通过检验有关数据推测出明代的人口年平均增长率，再以洪武后期的全国总人口数为基数，推算出明代后期的总人口数。由于对洪武后期人口总数的估计不同，对明代人口增长率的估计也颇有分歧，所以对明代人口峰值的估计相差极为悬殊。以下围绕明代人口增长率问题进行一些讨论。
较早对明代人口增长率作出估计的是何炳棣，他对比了《后湖志》记载的“洪武二十六年”和嘉靖二十一年（1542年）两个户口数字，发现北方人口有较大增长，而南方人口却有较大下降；他计算出北方5省的人口年均增长率是3.4‰，并认为南方人口增长率应稍高于北方，遂推测万历二十八年（1600年）总人口数约有1.5亿。这样，他使用的人口年平均增长率约为4.19‰。赵冈赞同何氏对明代人口呈稳步增长趋势的判断，但觉得何氏的估计太过保守，他认为明代人口年增长率不会低于6‰，到万历十八年（1590年）达到人口高峰时约有2亿左右。王育民基本同意何氏的估计，认为可以年平均增长率3.5‰计算，再加上不在民籍的其他人口，到1600年总人口为1.5亿人。葛剑雄则认为，在一个持续了200年的和平时期里，4.19‰的人口年平均增长率显然太低，而南方农民的生活质量要高于北方，其人口增长率比北方要高得多，也应该高于4‰不少；他主张应以年平均增长率5‰计，这样到万历二十八年应有1.97亿人，此后还可能有缓慢增长，明代的最高人口数额当已接近2亿。后来在与曹树基合写的一篇论文中，由于调高了洪武时期的总人口数，他们更测算到1600年人口总数达到2.05亿，并认为还存在着更高的可能。黑德拉也认为何氏严重低估了明代后期人口规模，并以从1500年至1800年人口增长率出现缓慢下降趋势这一认识为基础，设想了高、中、低三组人口增长率数值：1380至1500年，高值为6‰，中值为5‰，低值为4‰；1500—1600年，高值为5‰，中值为4‰，低值为3‰；1600—1650年，高值为4‰，中值为3‰，低值为2‰。她认为低值是令人难以相信的，或许取高、中之间的值比较合适。以中值计算，到1600年人口应为2.3亿，至1650年应为2.9亿，如以高值计算，1600年应为2.9亿。
曹树基最近对明代人口增长率重新作了全面考察，对何炳棣等学者的看法提出批评，也修正了他自己以前的估计。据他观察，北方地区在弘治以前册载户口数还呈上升趋势，但到正德以后却开始下降，说明此时册载户口数已绝不可信，而何炳棣将嘉靖年间的人口数与洪武时期的人口数进行比较，自然会低估明代的人口增长率。他分府考察了有关资料并加以推测，认为在北方大多数地区，明代的人口年平均自然增长率大致可达到5‰—8‰。他还搜集方志中的零散数据对明代南方的人口年平均增长率进行估测，得出了与何炳棣的估计相反的结果，即南方的人口年增长率比北方要低，只有3‰—4‰。综合南北各地区的情况，明代人口年平均增长率约为4.1‰，到崇祯三年（1630年）约有人口1.92亿。陈剩勇也对明代官方记载中人口的“北增南减”现象进行了初步考察，认为明代江南地区户口统计中的确存在着相当严重的隐漏现象，何炳棣等学者的解释有一定道理；但他又指出，以北方人口的增长率推论同期南方人口总数的做法是不科学的，倭患、溺婴、重赋以及各种天灾人祸对人口增长率产生了巨大影响，明代南方的人口增长率应当是较低的，明代中叶南直隶、浙江、江西、湖广、福建、广东、广西、四川、云南9省的人口总数应不少于明代初期，但也不会比明初多出好几倍。此外，李伯重也对认为江南人口增长率应相对较高的流行看法提出批评，指出到宋元明清时代，生育控制在中国一些地方逐渐普及，成为这些地方人口行为的重要特征之一，而江浙地区尤其具有特别重要的地位；正是在南宋后期至清代中期这5个世纪内，江南地区人口变化方式由先前的高速增长，转变为低速成长。具体到明代，李氏接受了何炳棣关于华北5省人口年平均增长率为3.4‰的假设，并认为南方应稍高，其中江苏、浙江、江西、福建4省可能又低于湖南、湖北、广东、广西、云南、贵州以及四川等，华北5省与湖南等7省高低相互抵销后的增长率可能接近全国平均数，这一数字大约是3.8‰，江南人口成长率应当也很接近于全国的成长率。
这些学者的研究，把明代人口史研究进一步推向深入，为估算明代的人口增长率和明代中后期的人口数额奠定了良好的基础。但是，明代南、北方的人口增长率是否有巨大差距，全国的人口增长率定在什么数值比较合适，还有必要进一步加以研究。从现有资料看，明代北方地区的天灾人祸并不比南方少，其对人口增长率的影响在南、北方应相差不大。只有溺婴这种现象，南方要比北方严重，这可能会导致南方的人口增长率比北方低一些，但绝不会低太多。上述学者对于南、北方人口增长率的考察，以及对南方人口增长率较低的估测，主要是根据官方的户口数字记录――特别是地方志中的户口数字――作出的。但是，由于南、北方社会经济状况和徭役佥派方式存在着巨大差异，两地的户口数字存在的问题和性质便有很大不同，因此，南、北方的人口增长率的差距或许并不像官方统计中反映的那样大。
明代有不少人曾对南北经济发展水平和赋役制度的巨大差异作出评论。如徐复祚指出：“淮以北，土无定亩，以一望为顷，故每多欺隐田粮；江以南，户无实丁，以系产为户，故多脱漏户丁。”葛守礼也指出：“大抵各省自有事宜，南方民稠地窄，众饶经营，非有力家，不能买田。北方地旷民稀，什九务农，承租占田，丰多不售。南方田无斥卤不毛，亩率值几金，甚一二十金，但有水利，岁可两三收几石，北地无论中下，其价其产，与南悬绝，即上地亦不能与之比埒，乌得从而加征乎？南方丁差，一户每数十人，才出一丁应役，十年才轮当一差。北方丁丁著役，年年当差，甚至有死存门虚报籍者，力差苦累极矣，又可加差徭银于其包养之瘠薄地耶！”《海盐县志·食货篇》也曾指出：“户口隐漏，为当今宇内通弊，不独东南然也，乃东南隐漏独多”，因为“江北之以丁定差者，今尚有真户籍，江南之以田当差者，全无实口数，弊之所为独甚也。”这些评论表明，明朝时，南北方都有欺隐田粮和丁口的现象，但欺隐的重点却大为不同。总体而言，北方由于“地广人稀”、“田土甚宽”，隐瞒田粮的现象比较严重，丁口不但基本上都被登入官方册籍，不少地方还存在着伪增丁口现象。如陕西巩昌府由于“官避耗减之名，而开除不列”，以致安定县在籍之丁2200人，实在之丁只有400人，通渭县在籍之丁1600人，实在之丁只有600人。《兖州府志》记载万历二十年（1592年）汶上县有42657户，107806口，而万历二十二年（1594年）的《须知文册》里却记载有12737户，87782口，据解释这是因为“均审攒造之册，要未足据，因存旧额云”。嘉靖《兰阳县志》的纂修者李希程曾就户口增长情况解释说，“户口渐增，由分户所致，非实增也”。宛平县令沈榜也指出，历届知县审编的丁数，“率多逃绝不堪，名存实亡”。而在人稠地狭的南方，从洪武时期开始，对人口的调查和登记就不如北方严密，脱漏人口较多，这种情况到明代中后期更加严重，各地普遍是“密于田土而疏于户口，故土无不科之税，而册多不占之丁”，隐瞒户丁的现象十分严重。而明代中后期南方商品化、城镇化发展迅速，也导致大量人口脱离了土地和户籍。徐渭曾谈到浙江会稽的人口问题，谓“不丁不籍者奚啻三倍之”。何乔远记述福建的情况，谓“今庶民之家，登册者名为官丁，不登册者名为私丁”。叶春及谈及广东顺德的情形，谓“豪党之家，与吏为市，丁数十而一登政，虽重乎实数十人共之也”。江西南昌的地方志也指出：“按隆庆六年后，户几三十万，口几九十万，此著成丁耳。其未成丁及老病男女，奚啻百万，而每户未报者，总亦不下数十万，流民移户尚不在此数，是几二百余万口也。”
因此，根据地方志中的户口数据估算明代的人口增长率，很容易将北方估计的偏高而将南方估计的偏低。一些根据族谱资料所作的微观历史人口学的研究，尽管尚处于起步阶段，也在一定程度上为估测南方的人口增长率提供了有益的参照。曹树基曾研究过明清时期移民氏族的人口增长问题，样本显示的安徽沿江平原地区以50年为期的人口年平均增长率变化情况是：1401—1450年为8.7‰，1451—1500年为10.7‰，1501—1550年为7.9‰，1551—1600年为7.6‰，1601—1650年为6.2‰，若通算1401—1650年则为8.3‰，1501—1650年则为7.3‰；湖南长沙地区的情况是：1501—1550年为12.9‰，1551—1600年为－0.4‰，1601—1650年为3.6‰，通算1501—1650年则为5.3‰。特尔福德（TedA.Telford）对安徽桐城的出生率和人口增长作了研究，人口年平均增长率变化情况是：1494—1524年为10‰，1525—1534年为9.4‰，1535—1544年为7.2‰，1545—1554年为6.7‰，1555—1564年为5.2‰，1565—1574年为8.2‰，1575—1584年为6.5‰，1585—1594年为0.9‰，1595—1604年为－0.3‰，1605—1614年为1.2‰，1615—1624年为6.2‰，1625—1634年为15.3‰，1635—1644年为16.4‰，通算1494—1644年则约为7.5‰。从这些数据看，尽管各地区、各宗族的人口增长在长时期中可能会有较大波动，而且总体看来明代中后期人口增长率呈下降趋势，但通观15世纪初至17世纪中的250间，南方人口的年平均增长率比上述学者所想像得要高出不少。当然，移民宗族和强宗大族的人口增长速度相对来说可能会快一些，因此不能把上述增长率普遍运用于整个南方地区。
将方志记载的人口数据与南北社会经济情况通盘考虑，我认为在估计明代的人口增长情况时，可在曹树基的估计值的基础上，将北方适当下调，南方适当上调，在全国采用5‰的年平均增长率。这样，以洪武二十四年（1391年）的总人口数7055万人为基数，乘以5‰的年平均增长率，到万历二十八年（1600年）应有1.9亿人。此后人口是否还有增长，学者们的看法亦不一致，但考虑到自此直到明亡的40多年间，天灾人祸频仍，人口纵有增长，恐怕也十分缓慢。因此，万历二十八年的估计人口数，大致可以视为明朝的人口峰值。
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